Tízmillió immunsejt feltérképezése tárta fel a betegségek szabályozási mechanizmusait

A FinnGen kutatási program nagyszabású immunológiai atlaszt készített annak feltárására, hogyan befolyásolják a genetikai eltérések a betegségek kialakulásában szerepet játszó szabályozási folyamatokat. A kutatók 1108 finn ember perifériás vérmintájából mintegy tízmillió immunsejtben vizsgálták egyszerre a kromatin hozzáférhetőségét és a génkifejeződést. Ez lehetővé tette, hogy ne csak azt lássák, mely genetikai variánsok kapcsolódnak betegségekhez, hanem azt is, milyen molekuláris láncon keresztül fejthetik ki hatásukat.

A vizsgálat 20 829 génhez kapcsolódó 51 083, illetve 210 584 kromatinszakaszhoz kötődő 338 100 cis-QTL-t azonosított. Emellett 119 094 lehetséges okozó variánst és 593 765 kromatin–gén kapcsolatot térképeztek fel. Azokat a variánsokat, amelyeknél a kromatin állapotának változása a génkifejeződés módosulásához is vezetett, kétszer gyakrabban lehetett betegségekkel együtt lokalizálni, mint a csak kromatinhatást mutató eltéréseket. Tömeges párhuzamos riporterasszayokkal 10 428 finomhangolt molekuláris QTL működését kísérletileg is igazolták.

A kutatás egyik fontos eredménye, hogy a fejlődés szempontjából erősen konzervált gének szabályozása több szinten is tompíthatja a genetikai hatásokat: a kromatin hozzáférhetősége változhat, de ez gyengébben jut el a génkifejeződésig. Az atlasz az immunbetegségekhez kapcsolódó genetikai jelek több mint feléhez kínál vizsgálható mechanizmust, többek között a TICAM1, a RHOH, a TNRC18 és az IL21R régióiban.